根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1第四十五条、《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1第三十二条规定，施工企业工程完工，建筑服务已经提供完成，虽然没有全不收到款项，但是已经按合同约定的付款日期进行了工程结算，纳税义务已经发生，企业应当按照工程款全额计算缴纳增值税，并开具增值税发票。扣留的质量保证金部分如果保证期满因质量问题没有收回或者收回一部分的，应当就未收到的部分作为销售折让开具红字发票，据此冲减收入和税金。