【案情描述】

近日，北京市税务局对辖区内甲公司进行税务日常检查，在检查过程中发现2017年甲公司自然股东A将其100%份额的股权进行了转让，转让给了山西的乙公司。但是北京市税务局并未收到乙公司代扣代缴申报缴纳的股东转让所得的个人所得税税款。但是甲公司坚持乙公司已进行了纳税申报，原来乙公司是将税款在本公司所在地的税务机关进行申报入库，且本地税务机关作为非法定的主管税务机关也已将税款征收入库。

根据国家税务总局《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）第十九条规定，个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地地税机关为主管税务机关。被投资企业为甲公司，所以该笔业务应该在北京市税务局进行申报纳税。

面对这种情况，甲公司所在地主管税务机关要求股权转让股东补缴，并缴纳税款滞纳金。那么企业原本缴纳给乙公司所在地的税款是否能退回？是否应该缴纳滞纳金？

【案例分析】

《税收征收管理法》第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。《税收征收管理法实施细则》第七十八条规定，税务机关发现纳税人多缴税款的，应当自发现之日起10月内办理退还手续；纳税人发现多缴税款的，要求退还的，税务机关应当自接到纳税人退还申请之日起30日内查实并办理退还手续。

从税收征管法及其实施细则可以看出，纳税人多缴税款的，无论是税务机关发现主动退换还是纳税人自行发现申请退还，本案中乙公司所在地税务机关都应当将错征的税款予以退还。

对于是否缴纳滞纳金，我们先来探究为什么会将税款交错地方。原因有两点：

1、企业税务知识水平有限。

2、税务机关的过失。因为根据《国家税务总局（个人所得税管理办法）》（国税发[2005]120号）第十七条规定，税务机关接受纳税人、扣缴义务人的纳税申报时，应对申报的时限、应税项目、适用税率、税款计算及相关资料的完整性和准确性进行初步审核，发现有误的，应及时要求纳税人、扣缴义务人修正申报。由此可见，税务机关在纳税人、扣缴义务人纳税申报过程中应进行相应的指导，如有错误应及时予以修正。本案中，乙公司所在地主管税务机关在乙公司申报纳税入库税务机关选择错误的情况下，仍将税款征收入库。因此，税务机关也存在入库错误的过失，且应负主要责任。

结合《税收征收管理法》第五十二条的规定，因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款、但是不得加收滞纳金。本案税款入库地点错误，不应再对涉案股权转让款个人所得税税款加收滞纳金。

【处理结果】

乙企业应向所在地税务机关申请退回税款，并向甲企业所在地税务机关进行申报缴纳，但是不用缴纳滞纳金。

【案例启示】

很多企业在面对这种状况时，总认为税局是有征收权力的单位，但是却忘了税局也有对核查纳税人缴纳的税款的金额、时限项目等是否正确进行指导的义务。面对这类情况，应该及时与税局沟通，根据程序将交错的税款退回。如果税局还要征收滞纳金，可以根据条款有理有据的与税局进行沟通，保证自己的权益不受侵害。