医疗、医药行业重点业务增值税税政精要
日期：2020-06-15
医疗、医药行业提供的医疗服务、销售的药品等，与一般企业在业务模式、涉税处理、发票开具上都存在很大的区别。本文将医疗、医药行业涉及的涉税政策进行汇总分析。
一、医疗行业重点业务增值税税政精要
(一)提供医疗服务收入的增值税政策要点
政策一：《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》规定，医疗机构提供的医疗服务，免征增值税。
医疗机构，指依据国务院《医疗机构管理条例》及卫生部《医疗机构管理条例实施细则》的规定，登记取得《医疗机构执业许可证》的机构，以及军队、武警部队各级各类医疗机构。包括:各级各类医院、门诊部(所)、社区卫生服务中心(站)、急救中心(站)、城乡卫生院、护理院(所)、疗养院、临床检验中心，各级政府及有关部门举办的卫生防疫站、各种专科疾病防治站(所)，各级政府举办的妇幼保健所(站)、母婴保健机构、儿童保健机构，各级政府举办的血站(血液中心)等医疗机构。
医疗服务，指医疗机构按照不高于地(市)级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格为就医者提供《全国医疗服务价格项目规范》所列的各项服务，以及医疗机构向社会提供卫生防疫、卫生检疫的服务。
政策二：《全国医疗服务价格项目规范》所列服务包括：综合医疗服务、病理学诊断服务、实验室诊断服务、影像学诊断服务、临床诊断服务、临床手术治疗、临床非手术治疗、临床物理治疗、康复治疗、辅助操作。
分析上述规定，医疗机构提供的医疗服务只要符合上述登记、服务价格、服务范围的条件，均可免征增值税，不论是营利性医疗机构还是非营利性医疗机构。如果超过指导价格或不属于《全国医疗服务价格项目规范》范围的服务，则均需要计算缴纳增值税。
(二)受托提供的医疗服务收入的增值税政策要点
政策：财税[2019]20号规定，自2019年2月1日至2020年12月31日，医疗机构接受其他医疗机构委托，按照不高于地(市)级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格，提供《全国医疗服务价格项目规范》所列的各项服务，可免征增值税。
(三)销售药品收入的增值税政策要点
政策一：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，医疗服务，是指提供医学检查、诊断、治疗、康复、预防、保健、接生、计划生育、防疫服务等方面的服务，以及与这些服务有关的提供药品、医用材料器具、救护车、病房住宿和伙食的业务。
政策二：财税[2000]42号规定，非营利性医疗机构、营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。
分析上述规定，医疗机构为患者提供医疗服务同时销售的与医疗服务有关的药品，只要提供的医疗服务符合《全国医疗服务价格项目规范》条件的，销售药品的收入免征增值税。如果不符合免税条件，应当按提供医疗服务缴纳增值税。
医院的药房在不提供医疗服务的情况下单独向患者销售药品，或者医疗机构设立药品零售企业(药店)销售药品取得收入，应当按销售货物计算缴纳增值税(免税药品除外)。
(四)提供或销售医疗器材、床位住宿等收入的增值税政策要点
医疗机构为患者提供医疗服务同时销售的与医疗服务有关的医疗器具，以及医疗服务过程中耗用的医疗物资和器材、提供床位等，只要提供的医疗服务符合《全国医疗服务价格项目规范》条件的，销售和提供医疗器具、耗用医疗物资、提供床位等收取得费用，同样免征增值税。如果不符合免税条件，应当按提供医疗服务缴纳增值税。
医院相关机构在不提供医疗服务的情况下单独向患者销售医疗器械、物资、或者医疗机构设立药品零售企业(药店)销售医疗器械和医疗物资，应当按销售货物计算缴纳增值税(免税用品外)。
(五)销售制剂收入的增值税政策要点
政策：财税[2000]42号规定，非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税。营利机构自产自用的制剂，自其取得执业登记之日起，3年内免征增值税。
分析上述规定，医疗机构自产自用的制剂免征增值税。医疗机构以外的其他单位生产的制剂不免征增值税;医疗机构自产制剂不自用，而是销售给其他医疗机构或药品零售企业的，不免征增值税。非营利医疗机构自产自用的制剂免征增值税是无期限的，营利医疗机构只能免3年。
(六)专家咨询服务收入的增值税政策要点
政策：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，咨询服务，是指提供信息、建议、策划、顾问等服务的活动。包括金融、软件、技术、财务、税收、法律、内部管理、业务运作、流程管理、健康等方面的咨询。
分析上述规定，医疗机构通过网络等渠道在没有提供医疗服务的情况下，单独提供医疗、健康等建议，收取费用的，应按鉴证咨询服务计算缴纳增值税。
(七)财政拨款、政府补助的增值税政策要点
政策：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，在中华人民共和国境内销售服务、无形资产或者不动产的单位和个人，为增值税纳税人。
分析上述规定，公立医院和非营利性的民营医院，取得的财政拨款、政府补助不属于销售服务、转让不动产、无形资产取得的收入，不属于增值税征收范围，不需要缴纳增值税。
(八)医保报销部分的增值税政策要点
政策一：《企业会计准则第16号—政府补助》规定，企业从政府取得的经济资源，如果与企业销售商品或提供服务等活动密切相关，且是企业商品或服务的对价或者是对价的组成部分，适用《企业会计准则第14号—收入》等相关会计准则。即属于企业收入。
政策二：国家税务总局2013年第3号公告规定，纳税人取得的中央财政补贴，不属于增值税应税收入，不征收增值税。
分析上述规定，医院与国家结算的医保报销部分的费用，属于提供服务的对价组成部分，是医疗服务收入的一部分，医疗服务属于《全国医疗服务价格项目规范》范围，属于免税收入，则医保部分也同样免税。若医疗服务不属于《全国医疗服务价格项目规范》范围，属于应税收入，则医保部分也同样征税。
(九)科研经费的增值税政策要点
医院科研经费按照其来源不同分为纵向科研经费和横向科研经费两大类。
纵向科研经费：指从中央及各级政府部门获得的科研经费，包括国家各部委司局、省市厅局级等立项的科研项目经费，还包括一些由学校、医院及其他团体组织等转拨的属于纵向科研经费范畴的项目经费。
横向科研经费：指医院与国内外企事业单位、社会团体组织以及个人等社会各界进行科研合作、科技咨询、科技成果转让及技术培训等科研活动取得的经费。
纵向科研经费属于财政性资金，不征增值税。横向科研经费属于应税行为，应当缴纳增值税。
(十)培训、讲座等收入的增值税政策要点
政策：财税[2000]42号规定，医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收。
分析上述规定，根据《营业税改征增值税试点实施办法》规定的税率，医务、护理部门提供的培训、进修服务收入(包括教育医疗服务，非学历教育服务，含各类培训、讲座、演讲、报告会等)，一般计税的应按6%计算缴纳增值税,简易计税的按3%计算缴纳增值税。
(十一)食堂租赁、ATM机占地租赁收入的增值税政策要点
政策：财税[2000]42号规定，医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收。
分析上述规定，根据《营业税改征增值税试点实施办法》规定的税率，食堂租赁收入、ATM机占地租赁费等，应按不动产租赁服务计算缴纳增值税，一般计税税率11%，简易计税征收率5%。
(十二)提供免费义诊、免费医疗咨询的增值税政策要点
政策一：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，单位或者个体工商户向其他单位或者个人无偿提供服务，视同提供应税服务缴纳增值税，但用于公益事业或者以社会公众为对象的除外。
政策二：《公益事业捐赠法》规定，教育、科学、文化、卫生、体育事业属于公益事业。
分析上述规定，医疗机构免费提供医疗服务，自然不会存在超过政府指导价格的问题，只要在《全国医疗服务价格项目规范》的服务范围内，不需要视同销售缴纳增值税。若提供的不是《全国医疗服务价格项目规范》的医疗服务，以及免费医疗咨询，原则上属于公益事业，也不需要视同销售缴纳增值税。
(十三)医院食堂收入的增值税政策要点
政策：《营业税改征增值税试点实施办法》规定：
1、医疗服务包括提供医学检查、诊断、治疗、康复、预防、保健、接生、计划生育、防疫服务等方面的服务，以及与这些服务有关的药品、医用材料器具、救护车、病房住宿和伙食的业务。餐饮服务是指通过同时提供饮食和饮食场所的方式为消费者提供饮食消费服务的业务活动。
2、企业管理服务，是指提供总部管理、投资与资产管理、市场管理、物业管理、日常综合管理等服务的业务活动。
3、不动产经营租赁服务，是指在约定时间内将不动产转让他人使用且租赁物所有权不变更的业务活动。
4、有形动产经营租赁服务，是指在约定时间内将有形动产转让他人使用且租赁物所有权不变更的业务活动。
分析上述规定，个人理解，医疗服务相关的伙食应当是辅助治疗的膳食，作为医疗服务的一项内容一并收取费用。医院食堂提供的服务与医疗服务无关，不能享受免税优惠。
医疗机构自营食堂或虽然承包但以医院名义经营的，取得病人及家属用餐收入应按“餐饮服务”计算缴纳增值税;职工用餐收入属于非经营活动，不征收增值税。
食堂对外承包(租赁)经营的，如果承包的只是食堂的管理，承包费应按“商务辅助服务”计征增值税;如果是出租食堂这个场地，应按“不动产租赁经营服务”计征增值税，如果出租食堂场地带有形动产的(如桌椅板凳)，这部分应按“有形动产经营租赁”计征增值税;如果属于综合承包的，承包费要分别约定、分别核算、分别适用税率或征收率计征增值税，如果不能分别约定的，应按兼营的规定从高适用税率或征收率计征增值税。
(十四)进口医疗设备的增值税政策要点
政策：《增值税暂行条例》规定，直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备，免征增值税。
分析上述规定，直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备，免征增值税。用于其他用途的进口仪器、设备不能免税。
(十五)购进药品、药材、医疗设备等的增值税抵扣政策要点
政策：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，用于免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产，进项税额不得抵扣。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目。
分析上述规定，医疗机构用于免税医疗服务、集体福利或者个人消费的药品、药材、医疗设备、车辆、房产，增值税进项税额不得抵扣。医疗设备、车辆、房产一般属于应税免税共用，增值税是可以抵扣的。
二、医药行业重点业务增值税税政精要
(一)药品销售收入的增值税政策要点
1、一般计税情形
政策一：《增值税暂行条例》规定，药品属于货物，一般适用13%的税率。销售的药品属于农产品的，自产的免税，外购的适用9%的低税率。农产品,是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。
政策二：财税字[1995]52号规定，免税农产品中，药用植物指用作中药原药的各种植物的根、茎、皮、叶、花、果实等。利用上述药用植物加工制成的片、丝、块、段等中药饮片，也免税。中成药不属于免税范围。动物类农产品指人工养殖和天然生长的各种动物的初级产品。
分析上述规定，药品生产企业生产(一般纳税人)销售的西药、中成药的，适用13%的增值税税率;销售的中草药，属于自产的农产品的，免征增值税，属于外购的农产品的适用9%的低税率(特殊药品除外)。
药品经销企业或零售药店，销售外购的西药、中成药的，适用13%的增值税税率;销售外购的中草药，适用9%的低税率(特殊药品除外)。
2、简易计税情形
(1)生物制药
政策一：国家税务总局公告2012年第20号规定，属于增值税一般纳税人的药品经营企业销售生物制品，可以选择简易办法按照生物制品销售额和3%的征收率计算缴纳增值税。(注：适用行业为批发零售业)
政策二：财税[2009]9号规定，一般纳税人销售自产用微生物、微生物代谢产物、动物毒素、人或动物的血液或组织制成的生物制品，可选择按照简易办法依照3%征收率计算缴纳增值税。(注：适用范围必须自产的生物制品)
政策三：国税函[1999]191号规定，对卫生防疫站调拨生物制品和药械，可按照小规模商业企业3%的增值税征收率征收增值税。
(2)抗癌药品
政策：财税[2018]47号规定，自2018年5月1日起，增值税一般纳税人生产销售和批发、零售抗癌药品，可选择按照简易办法依照3%征收率计算缴纳增值税。自2018年5月1日起，对进口抗癌药品，减按3%征收进口环节增值税。(注：适用行业为生产、批发、零售、进口)
(3)罕见药品
政策：财税[2019]24号规定，自2019年3月1日起，增值税一般纳税人生产销售和批发、零售罕见病药品，可选择按照简易办法依照3%征收率计算缴纳增值税。(注：适用行业为生产、批发、零售和进口)
(4)兽用药品
政策：国家税务总局公告2016年第8号规定，自2016年4月1日起，增值税一般纳税人的兽用药品经营企业销售兽用生物制品，可以选择简易办法按照3%的征收率计算缴纳增值税。(注：适用行业为批发零售业)
(5)小规模纳税人
小规模纳税人销售药品，除免税药品外，按3%征收率缴纳增值税。
3、免税或不征税情形
(1)抗艾滋病病毒药品
政策：财政部 税务总局公告2019年第73号规定，自2019年1月1日至2020年12月31日，继续对国产抗艾滋病病毒药品免征生产环节和流通环节增值税。(注：适用行业为生产和流通企业)
(2)销售避孕药品
政策：《增值税暂行条例》规定，销售避孕药品免征增值税。
(3)自产创新药
政策：财税[2015]4号规定，药品生产企业销售自产创新药的销售额，为向购买方收取的全部价款和价外费用，其提供给患者后续免费使用的相同创新药，不属于增值税视同销售范围。(注：适用行业为生产企业)
(4)供给临床用血
政策：财税字[1999]264号规定，血站供应给医疗机构的临床用血，免征增值税。
(二)医疗器械销售收入的增值税政策要点
1、征税情形
政策：《增值税暂行条例》规定，医疗器械属于货物，一般适用13%的税率。
国税函[1999]191号规定，对卫生防疫站调拨生物制品和药械，可按照小规模纳税人3%的征收率征收增值税。
2、免税情形
政策：《增值税暂行条例》规定，销售避孕用具，免征增值税。
(三)加盟费收入的增值税政策要点
政策：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，销售无形资产，是指转让无形资产所有权或者使用权的业务活动。无形资产包括技术、商标、著作权、商誉、自然资源使用权和其他权益性无形资产。
其他权益性无形资产，包括基础设施资产经营权、公共事业特许权、配额、经营权、经销权、分销权、代理权、会员权、席位权、网络游戏虚拟道具、域名、名称权、肖像权、冠名权、转会费等。
分析上述规定，医药公司向加盟店收取的加盟费是属于销售无形资产，属于增值税征税范围。一般纳税人适用6%的税率，小规模纳税人适用3%的征收率。
(四)向加盟店收取的配送费增值税政策要点
政策一：《增值税暂行条例》规定，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。
政策二：《增值税暂行条例实施细则》规定，价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
政策三：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，一项销售行为如果既涉及服务又涉及货物，为混合销售。从事货物的生产、批发或者零售的单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售货物缴纳增值税;其他单位和个体工商户的混合销售行为，按销售服务缴纳增值税。
分析上述规定，医药公司向加盟店收取的配送费，属于混合销售行为，应当按销售货物的税率缴纳增值税。也可以理解成为一种价外费用。
注意：如果配送的货物有免税的，有应税的，配送费原则上应按应税和免税的金额分开，征税部分配送费也征税，免税部分配送费也免税。分不开的一律征税。
(五)销售返利的增值税政策要点
政策一：国税发[2004]136号规定，对商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额挂钩(如以一定比例、金额、数量计算)的各种返还收入，均应按照平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税金。商业企业向供货方收取的各种收入，一律不得开具增值税专用发票。
政策二：国税函[2006]1279号规定，纳税人销售货物并向购买方开具增值税专用发票后，由于购货方在一定时期内累计购买货物达到一定数量，或者由于市场价格下降等原因，销货方给予购货方相应的价格优惠或补偿等折扣、折让行为，销货方可按现行《增值税专用发票使用规定》的有关规定开具红字增值税专用发票。
分析上述规定，药品生产企业或经销企业支付给药店的平销返利，不能由药店直接开具增值税蓝字发票，而应当由药品生产企业或经销企业开具红字发票。开票方据此冲减销项税额，受票方据此冲减进项税额。
注意：如果返利是实物资产，实质是将商品无偿赠与零售药店，应视同销售缴纳增值税。
(六)进场费、广告促销费、上架费、陈列费、展示费、条码费等的增值税政策要点
政策一：国税发[2004]136号规定，商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额无必然联系，且商业企业向供货方提供一定劳务的收入，例如进场费、广告促销费、上架费、展示费、管理费等，不属于平销返利。
政策二：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，经营租赁服务指在约定时间内将有形动产或不动产转让他人使用且租赁物所有权不变更的业务活动。按照标的物的不同，经营租赁服务可分为有形动产经营租赁服务和不动产经营租赁服务。
信息系统增值服务指利用信息系统资源为用户附加提供的信息技术服务，包括数据处理、分析和整合、数据库管理、数据备份、数据存储、容灾服务和电子商务平台等。
广告服务，指利用图书、报纸、杂志、广播、电视、电影、幻灯、路牌、招贴、橱窗、霓虹灯、灯箱和互联网等形式为客户的商品、经营服务项目、文体节目或者通告、声明等委托事项开展宣传和提供相关服务的活动。包括广告代理和广告的发布、播映、宣传、展示等。
分析上述规定，药品生产企业或经销企业支付给药店的进场费、上架费、陈列费等，应按实质重于形式的原则判断，若其实质是商品进入药店占用场地(如货架)需要支付的费用，应由药店按经营租赁服务开票纳税;若实质是为宣传、促销的费用，则应由药店按广告服务开票纳税。支付的条码费应由药店按信息技术服务开票纳税。支付给药店的广告促销费、展示费(如橱窗、柜台、灯箱)等属于为宣传促销发生的费用，应由药店按广告服务开票纳税。
(七)赠品药、样品药的增值税政策要点
政策：《增值税暂行条例实施细则》规定，将自产、委托加工或者购进的货物无偿赠送其他单位或者个人，应当视同销售。
分析上述规定，药品生产企业、经销企业，如果是销售给下游企业药品的同时，赠与一些样品或赠品以帮助促销，这种赠品实际上是有偿的，不需要视同销售缴纳增值税;如果在没有卖给下游企业药品前，先免费赠送赠品或样品，让下游药店等进行宣传的，则属于无偿赠送，需要视同销售缴纳增值税。
药店等药品零售企业如果销售给消费者药品的同时，赠与一些样品或赠品以帮助促销，这种赠品实际上是有偿的，不需要视同销售缴纳增值税;如果不需要购买药品就随机赠送赠品或样品进行宣传促销，则属于无偿赠送，需要视同销售缴纳增值税。
(八)打折、买一赠一、第二盒半价、反电子币、积分等促销方式的增值税政策要点
政策一：国税函[2010]56号规定，纳税人采取折扣方式销售货物，销售额和折扣额在同一张发票上分别注明是指销售额和折扣额在同一张发票上的“金额”栏分别注明的，可按折扣后的销售额征收增值税。未在同一张发票“金额”栏注明折扣额，而仅在发票的“备注”栏注明折扣额的，折扣额不得从销售额中减除。
政策二：冀国税函[2009]247号规定，企业在促销中，以“买一赠一”、购物返券、购物积分等方式组合销售货物的，对于主货物和赠品(返券商品、积分商品)不开发票的，就其实际收到的货款征收增值税。对于主货物与赠品开在同一张发票的，或者分别开具发票的，应按发票注明的合计金额征收增值税。
分析上述规定，各种促销方式缴纳增值税如下：
(1)打折销售的，企业可以将销售额和折扣额在同一张发票上的“金额”栏分别注明，按折扣后的金额缴纳增值税，也可按实收金额直接开票纳税。
(2)“买一赠一或买多赠一”等买赠行为，企业可以按实际收到的金额开票缴纳增值税，赠品不开票，也可以按主产品和赠品总价开具，再以折扣形式将赠品价款开具负数金额，其都是以实收金额交税。
(3)“第二盒半价”促销的，实质也是折扣行为，企业可以按两盒总价开具，再以折扣形式将半盒价款开具负数金额，也可按实收金额直接开票。两种方式都是按实收金额纳税。
(4)“购物返券”、“反电子币”、“积分销售”促销的，企业销售药品时按实际收到的金额开票缴纳增值税。消费者持券消费、使用电子币、使用积分时，按抵券、电子币抵价、积分时，企业可以按商品总价开具，再以折扣形式将用券抵价、电子币抵价、积分抵价部分开具负数金额，也可以直接按返券、电子币、积分抵价后的实收金额开票。两种方式都是按实收金额纳税。
(九)免费送货上门或免费熬制药品等的增值税政策要点
政策：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，单位或者个体工商户向其他单位或者个人无偿提供服务应当视同销售，但用于公益事业或者以社会公众为对象的除外。
分析上述规定，药店销售药品的同时免费提供相应的熬药、打粉、送货上门等服务的，服务只有在买了药品的前提下提供，不属于无偿行为，不需要视同销售缴纳增值税。
(十)药品、医疗器械捐赠的增值税政策要点
政策一：《增值税暂行条例实施细则》规定，将自产、委托加工或者购进的货物无偿赠送其他单位或者个人，应当视同销售。
政策二：财政部 税务总局公告2020年第9号规定，单位和个体工商户将自产、委托加工或购买的货物，通过公益性社会组织和县级以上人民政府及其部门等国家机关，或者直接向承担疫情防治任务的医院，无偿捐赠用于应对新型冠状病毒感染的肺炎疫情的，免征增值税。
分析上述规定，在《增值税暂行条例》下，无论是自产还是外购、无论是通过公益组织、政府还是直接捐赠，无论捐赠后的用途是什么，都需要视同销售。但是，货物用于新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控的医疗药品、医疗器械、医疗物资，以及其他货物，不论通过公益性社会组织和县级以上人民政府及其部门等国家机关，还是直接向承担疫情防治任务的医院捐赠，均免征增值税。
(十一)过期药品处理的增值税政策要点
政策一：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，非正常损失，是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。
政策二：国家税务总局公告2014年第3号规定，商业零售企业存货因零星失窃、报废、废弃、过期、破损、腐败、鼠咬、顾客退换货等正常因素形成的损失，为存货正常损失。
分析上述规定，医疗机构、医药企业购进药品一般是规定有效期到期前或一定时期内可以退回的，如果因管理不善，未在规定期内退回，导致药品过期形成损失的，进项税额不得抵扣。购进时没有退回条款的，零售药店属于商业零售企业，药品过期属于正常损失，进项税额可以抵扣;医疗机构、医药生产、经销企业虽然不属于商业零售企业，但药品过期也不属于管理不善，进项税额依然可以抵扣。但用于免税医疗服务的药品，进项税额也不能抵扣。
(十二)购进药品、药材、医疗器械等的增值税抵扣问题
1、进口、购进药品、药材、医疗器械
政策：《增值税暂行条例》规定，一般纳税人购进、进口药品、药材、医疗器械，从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额、从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，只要用于采用一般计税的应税项目的，进项税额可以抵扣。
2、向农业生产者采购自产的药用动植物
政策：财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号规定，纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
具体如下表：
政策：财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号规定：
(1)取得增值税专用发票的，按发票注明的进项税额抵扣;
(2)未取得增值税专用发票的，按以下规定抵扣：
①取得增值税电子普通发票，为发票上注明的税额;
②取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单：进项税额=(票价+燃油附加费)÷(1+9%)×9%
③取得注明旅客身份信息的铁路车票：进项税额=票面金额÷(1+9%)×9%
④取得注明旅客身份信息的公路、水路等客票：进项税额=票面金额÷(1+3%)×3%
4、一般计税项目与简易计税项目共用固定资产的抵扣
政策：《营业税改征增值税试点实施办法》规定, 专用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的固定资产、无形资产、不动产的进项税额不得抵扣，一般计税项目与简易计税项目共用固定资产、无形资产、不动产的进项税额可以抵扣。
5、贷款利息、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务的进项税额
政策：《营业税改征增值税试点实施办法》规定, 贷款利息、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务的进项税额不得抵扣。
6、既有一般计税项目又有简易计税项目，无法划分进项税额处理
政策：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，适用一般计税方法的纳税人，兼营简易计税方法计税项目、免征增值税项目而无法划分不得抵扣的进项税额，按此公式划分：
不得抵扣的进项税额=当期无法划分的全部进项税额×(当期简易计税方法计税项目销售额+免征增值税项目销售额)÷当期全部销售额
三、医疗、医药行业可享受增值税小微优惠
政策：国家税务总局公告2019年第4号规定，小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额未超过10万元(季度未超过30万元)的，免征增值税。合计月销售额超过10万元，但扣除不动产的销售额后未超过10万元的，销售货物、劳务、服务、无形资产部分仍可免征增值税。
分析上述规定，医疗机构、医药企业小规模纳税人应税销售额不超过上述规定标准的，可以免征增值税。这里的免税销售额10万或30万的标准，包含应税项目收入和免税项目收入(如：免税医疗服务收入、避孕药品销售收入)，但不包含非增值税应税项目(如：财政拨款)。