国家税务总局发布了《国家税务总局关于查增应纳税所得额弥补以前年度亏损处理问题的公告》（国家税务总局公告2010年第20号），对税务机关检查调增的企业应纳税所得额弥补以前年度亏损的税务处理作出规定。
　　一、20号公告下发前的处理

（一）2008年前，税务机关查增的应纳税所得额，区分两类企业进行处理：

1.内资企业所得税法(国税发[2006]56号)规定，查补的应纳税所得额，应并入所属年度的应纳税所得中，按税法规定计算应补税额，但不得弥补以前年度亏损，不得作为计算公益、救济性捐赠税前扣除的基数。

2.外资企业没有明确不能弥补，实际工作中允许弥补。

（二）2008年后至20号公告下发前没有规定。实际执行基本上沿用了2008年前的规定。

二、20号公告的规定

根据《中华人民共和国企业所得税法》第五条的规定，税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。
    （一）调增的应纳税所得额弥补该亏损后，仍然存在可弥补亏损，不存在补税问题，但应调减可弥补亏损额；
　　案例：某企业2008年度的纳税申报表中，企业自己申报的是亏损100万，2009年应纳税所得50万，弥补以前年度亏损50万，累计可结转以后年度弥补的亏损额50万元。2010年经税务稽查应调增2009年度应纳税所得20万。则根据20号公告税务机关检查调增的应纳税所得可弥补以前年度亏损。经过调整后结转以后年度的弥补的亏损额30万，该企业就不存在补税处理的问题。
　　（二）应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损后，有盈余的，还应就调整后的应纳税所得按适用税率补缴企业所得税。
　　案例：某企业2008年度的纳税申报表中，企业自己申报的是亏损100万，2009年应纳税所得50万，弥补以前年度亏损50万，累计可结转以后年度弥补的亏损额50万元。2010年经税务稽查应调增2009年度应纳税所得70万。则根据20号公告税务机关检查调增的应纳税所得可弥补以前年度亏损。经过调整后发生盈余20万，就应该对调整后盈余的20万按适用税率补税。
    （三）减免税所得弥补亏损问题。国家税务总局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知（国税函〔2010〕148号）文件中对税收优惠填报口径进行了明确：对企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损；当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。可见该条对纳税人有利。

　　三、处理或处罚
　　20号公告规定，对检查调增的应纳税所得额应根据其情节，依照《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定进行处理或处罚。例如在行为当年或相关年度造成不缴或少缴应纳税款的，适用《征管法》第六十三条第一款规定：由税务机关追缴其不缴或者少缴的所得税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
　　四、执行时间问题
　　20号公告，自 2010年12月1日开始执行。以前（含2008年度之前）没有处理的事项，按本规定执行。20号公告对新法实施前发生相应事项具有追溯效力。