按照《中华人民共和国营业税暂行条例》第五条第一款规定，纳税人将承揽的运输业务分给其他单位或者个人的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位或者个人的运输费用后的余额为营业额。

　　但该条例并未对运输业务的适用范围进行界定，而根据国税发[2003]121号文规定的差额计税办法只适用于在中华人民共和国境内提供公路、内河货物运输劳务的单位和个人。显然，铁路运输企业被排除在国税发[2003]121号文的规范之外。

　　财税[2003]16号文则是这样规定的：“经地方税务机关批准使用运输企业发票，按‘交通运输业’税目征收营业税的单位将承担的运输业务分给其他运输企业并由其统一收取价款的，以其取得的全部收入减去支付给其他运输企业的运费后的余额为营业额。”

　　因此，在实务中，需要对铁路运输企业间合作运输业务判断铁路运输企业能否按联运业务征税。

　　2011年9月26日，国家税务总局发布的2011年第52号《关于对铁路运输企业之间合作完成运输业务有关营业税问题的公告》对合资铁路运输公司、股改铁路运输企业和其他铁路运输企业相互之间合作完成运输业务的营业税计征办法进行了明确：

　　一、明确实行差额征收

　　承运人以取得的全部价款和价外费用扣除支付给其他合作运输方的运输费用后的余额为营业额。

　　二、明确了营业税扣税凭证

　　过去，因铁路运输发票和铁路小件货物快运运单是增值税进项税的抵扣凭证，因此，这两种发票是经地方税务机关批准使用运输企业发票。但在第52号公告中，因铁路联运与普通铁路运输业务的区别，明确实施差额营业额计征的扣除凭证为《铁路运输企业提供服务清算票据》。

　　三、明确实行差额征收的铁路运输企业条件

　　合资铁路运输公司是指由铁道部及其所属铁路运输企业与地方政府、企业或其他投资者共同出资成立的铁路运输企业;股改铁路运输企业是指经国务院批准进行股份制改革成立的铁路运输企业。

　　四、明确该政策的实施时间

　　政策自2011年9月26日执行且具有追溯力。