企业并购面临的突出问题就是税收成本问题。对财税〔2009〕59号文件的出台，无论是纳税人还是征收机关都对该文件的出台给予了充分关注。
　　 进步的不只是理念其一，新规定既鼓励正常交易又反避税。新规定使用了“合理商业目的”、“维持实质性经营活动”、“锁定期”、“多步骤交易合并看待”等技术细节努力反避税。
　　 其二，新规定立法理念和内容与国际惯例充分接轨的同时尊重了中国的现实国情；规定内容既全面又简洁，涵盖了资本运作的所有基本形式。
　　 其三，新规定立法表述准确，比如使用了“一般性税务处理”和“特殊性税务处理”等新的表述方式。
　　 其四，新规定既没有给税务机关太大的自由裁量空间，又赋予重组当事人自由选择权利，体现了立法和监管理念的重大进步。
　　 注意与“重大资产重组”的区别与企业所得税法规中所称的企业重组概念类似，中国证监会制定的《上市公司重大资产重组管理办法》还规范了一个所谓的“重大资产重组”。重大资产重组是上市公司及其控股或者控制的公司在日常经营活动之外购买、出售资产或者通过其他方式进行资产交易达到规定的比例，导致上市公司的主营业务、资产、收入发生重大变化的资产交易行为。
　　 按照中国证监会的规定，上市公司及其控股或者控制的公司购买、出售资产，达到下列标准之一的，构成重大资产重组：1.购买、出售的资产总额占上市公司最近一个会计年度经审计的合并财务会计报告期末资产总额的比例达到50%以上。
　　 2.购买、出售的资产在最近一个会计年度所产生的营业收入占上市公司同期经审计的合并财务会计报告营业收入的比例达到50%以上。
　　 3.购买、出售的资产净额占上市公司最近一个会计年度经审计的合并财务会计报告期末净资产额的比例达到50％以上且超过5000万元人民币。
　　 区分一般性和特殊性税务处理企业重组的税务处理区分不同条件分别适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。适用一般性税务处理规定过去习惯上叫应税重组或者一般重组，适用特殊性税务处理规定过去则习惯上叫免税重组或者特殊重组。
　　 依据财税〔2009〕59号文件第5条要求，企业重组同时符合下列条件的适用特殊性税务处理规定：1.具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
　　 2.被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。
　　 3.企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质经营活动。
　　 4.重组交易对价中涉 及股权支付金额符合本通知规定的比例。
　　 5.企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
　　 除符合财税〔2009〕59号文件规定适用特殊性税务处理规定的企业重组外，绝大多数企业重组都要按规定进行一般税务处理。
　　 规定了税收优惠的沿承在企业吸收合并中，合并后的存续企业性质及适用税收优惠的条件未发生改变的，可以继续享受合并前该企业剩余期限的税收优惠，其优惠金额按存续企业合并前1年的应纳税所得额(亏损计为零)计算。
　　 在企业存续分立中，分立后的存续企业性质及适用税收优惠的条件未发生改变的，可以继续享受分离前该企业剩余期限的税收优惠，其优惠金额按该企业分立前1年的应纳税所得额(亏损计为零)乘以分立后存续企业资产占分立前该企业全部资产的比例计算。