一是混淆免税收入与应税收入。根据规定，非营利医疗机构从事非医疗服务取得的收入，应按规定申报纳税，而实际情况是部分医疗单位取得房屋租赁收入、财产转让收入、对外投资收入等均未单独核算及申报纳税。

　　二是混淆发票与收据的使用范围。大多医疗单位取得的房租等非医疗收入不开具正式发票，以收据入账，或不开票、不记帐，进行"体外循环"，同时医疗单位购进药材以白条、收据入账现象较为严重，给税务部门核算营利性医疗单位成本、费用及应税利润带来困难。

　　三是混淆个人所得税代扣代缴税目。将"劳务报酬所得"和"工资薪金所得"混用，造成扣缴税款计算错误，主要表现为支付外聘专家坐堂、出诊费少代扣个人所得税。