卫生部医院管理研究所名誉所长迟宝兰曾在接受媒体采访时指出，税收政策已成为阻碍营利性医院发展的瓶颈。因为它直接影响到营利性医院能否生存，影响到与非营利性医院能否公平竞争。

　　一样地执行国家定价，一样地救死扶伤，一样地参与社区保健、卫生防疫等公益事业，可是我们没有政府的一分钱补贴，相反还要缴纳全部的税收。今年7月份开始正式缴纳营业税后，很多医院今年将很难盈利。"医疗是高技术、高风险的行业，将其视同餐饮服务业一同管理就显得不够科学。"凤凰医院集团执行总裁成立兵认为，企业为国家纳税是天经地义的，但目前国家对于民营医院的税收政策，的确存在不尽合理的地方，不仅难以为民营医院创造公平、可持续的发展环境，也不利于解决老百姓看病难、看病贵的问题。他说，目前政府给公立医院的财政补贴大概要占到总收入的8%？10%，且不用缴税。民营医院则恰恰相反：不仅没有财政补贴，还要承担8%左右的税收。这样，一来一回，民营医院的成本至少高出了公立医院的16%.许多民营医院还反映，由于当初国家出台税收优惠政策时没有再作进一步的细化，导致在具体执行中税务部门和医院对政策的理解和运用产生偏差。比如，取得收入怎样才算"直接用于改善医疗卫生条件的"可以享受免税，各地都按自己的标准和理解来执行，这样也造成了有些地区该收的税款没收到，使国家财政蒙受了损失；而另一些地方则是医院该享受的税收减免没有得到，从而造成新的不公平。

　　一项调查表明，目前占到国内医院总数60%的民营医院占有的医疗市场份额仅为3%？4%，他们实现的利润也远低于公立医院。据赵淳透露，目前国内公立医院的平均利润率约为25%，而民营医院则由于兴起时间短、竞争中处于弱势等原因，其平均利润率充其量只能达到10%？15%.赵淳说："如果再要承担8%的税负，很多民营医院将面临着无利可图甚至亏损的境地。"深圳深联医院董事长廖志仁和北京因苏林糖尿病医院副院长李茂椿都提出，其实现在很多名义上的"营利性医院"也都在承担着非营利的责任，而许多"非营利"的公立医院却在从事着营利性的医学美容、整形等业务。但是就是由于所有制不同，前者须缴纳营业税而后者却往往能免税。因此，他们认为对医院的税收管理应根据实际经营情况而非简单以所有制来区别，否则会大大加剧民营医院成本负担，不利于公平竞争。