高新技术企业在生产经营过程中涉及到的主要税种有：增值税、营业税、企业所得税、关税、城市维护建设税、城镇土地使用税、房产税、车船使用税、印花税等。对于外商投资企业和外国企业涉及外资投资企业和外国企业所得税、城市房地产税、车船使用牌照税等，而相应的企业所得税、房产税、车船使用税则不适用外商投资企业和外国企业。

     1．增值税

    增值税是对在我国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务，以及进口货物的单位和个人所征收的单位和个人所征收的一种税。它是以企业的产品（或劳务）的增值额为课税对象的。

     高新技术企业缴纳增值税主要有以下几种情况：

    （1）销售应税货物；

    （2）发生视同销售行为；

    （3）进口货物；

    （4）提供加工、修理修配劳务；

    （5）发生混合销售行为；

    （6）兼营非应税劳务行为。

    高新技术企业是通过货物和应税劳务的增值额来计算缴纳增值税的。对于一般纳税人来说，它是通过销项税额抵扣当期进项税额后的余额作为当期应纳税额。如果当期销项税额小于当期进项税额而不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。被认定为一般纳税人的高新技术企业销售货物，进口货物，提供加工、修理、修配应税劳务的税率为17%的比例税率（软件行业和某些进口物品除外）。

    对于年销售额不足100万元，以及会计核算不够健全的高新技术企业，为小规模纳税人。被认定为小规模纳税人的高新技术企业，实行简易办法计算应纳税额，即按销售额和规定的6%征收率计算应纳税额，不得抵扣进项税额。

    高新技术企业进口货物，按照组成计算价格和规定的税率计算缴纳增值税，不得抵扣进项税额。对企业为生产《国家高新技术产品目录》的产品而进出口所需的自用设备及按照合同随设备进口的技术及配套件、备件，免征进口环节增值税。

    2.营业税

    营业税是对规定的提供商品或劳务的全部收入征收的一种税。它以企业取得的营业额为征对象。

    高新技术企业在其经营活动中，经常会发生一些营业税的应税劳务，主要包括：技术咨询、技术培训、技术服务、软件开发、项目开发等。此外，一些搞科研开发的高新技术企业，其营业额主要是转让无形资产，这也是营业税的应税劳务。对于这些劳务的征税要区分混合销售行为和兼营行为。

    高新技术企业的混合销售行为缴纳增值税，而兼营行为应该分别核算货物或增值税应税劳务和增值税非应税劳务的销售额。属于营业税征税范围的，缴纳营业税，属于增值税征税范围的，缴纳增值税，不分开核算或者不能准确核算的，一并征收增值税。

    高新技术企业的营业税，以其应税营业额为计税依据。营业额为高新技术企业向对方提供应税劳务、转让无形资产所收取的全部价款和价外费用（按照财政部的规定，某些特殊情况下，可以用营业额扣除相应部分作为应税营业额）。

    高新技术企业提供技术咨询、技术培训、技术服务、软件开发、项目开发、转让科研成果等，应分别按服务业税目或转让无形资产税目依5%的税率征收营业税。纳税人应单独核算不同税目的营业额。

     3．企业所得税

     高新技术企业所得税，是以其生产经营所得和其他所得为课税对象所征收的一种税。

    企业所得税的计税依据是企业应纳税所得额，它是指企业在一个纳税年度内的收入总额减去国家规定准予扣除项目金额后的余额。

    国家规定准予扣除的项目主要是指与取得收入有关的成本、费用、损失以及税金（指纳税人按规定缴纳的营业税、城市维护建设税、资源税、土地增值税、教育费附加），其中包括纳税人用于新产品、新技术、新工艺研究开发的费用，不受比例限制，计入管理费用扣除。

    企业不得在所得税前扣除的项目主要包括：

   （1）资本性支出。它是指纳税人购置、建造固定资产，对外投资等的支出。根据企业所得税暂行条例的规定，资本性支出应计入形成资产的原价，不得在发生当期直接扣除，必须按税收法规规定分期折旧、摊销或计入有关投资的成本。

   （2）无形资产受让、开发支出。它是指不得直接扣除的纳税人购置或自行开发无形资产发生的费用，无形资产开发支出未形成资产的部分准予扣除。

   （3）违法经营的罚款和被没收的财物损失。

   （4）各项税金的滞纳金、罚金和罚款。

   （5）自然灾害或者意外事故而由保险公司给予的赔偿。保险公司的赔偿是对因自然灾害或意外事故造成的损失的补偿，因此，纳税人取得的保险公司给予的赔偿既不纳入收入总额征税，也不得在所得税前扣除。

   （6）超过国家规定允许扣除的公益、救济性的捐赠，以及非公益、救济性的捐赠。公益、救济性损赠有列支范围规定，超范围的不能在所得税前扣除；非公益、救济性捐赠与生产经营活动没有直接关系，不允许税前扣除。

   （7）各种赞助支出。它是指各种非广告性质的赞助支出。如，企业在“六一”儿童节对小学校赞助、体育比赛赞助等，都不能税前列支。纳税人如果向经过工商管理部门从事广告业的部门赞助的广告性支出，按照规定的限额允许在税前扣除；超过限额的部分也不允许在税前扣除。

   （8）销售货物给购货方的回扣，其支出不得在税前扣除。

   （9）与取得收入无关的其他各项支出。如，纳税人为其他独立纳税人提供与本身应纳税收入无关的贷款担保等，因被担保方还不清贷款而由该担保纳税人承担的本息等，不得在担保企业税前扣除。

    4．城市维护建设税

    城市维护建设税是一种附加税，它是为了扩大城市维护建设的资金来源，依据企业缴纳的营业税、增值税和消费税税额计算征收的一种税。凡缴纳营业税、增值税和消费税的企业，都是城市维护建设税的纳税人。

    高新技术企业城市维护建设税的计税依据是其实际缴纳的营业税、增值税和消费税税额之和，包括其被查补的营业税、增值税税额。

    城市维护建设税的税收负担，主要取决于其适用税率。城市维护建设税实行的是地区差别税率，根据纳税人所在地的不同，其适用的税率也不同。纳税人所在地在城市市区的，税率为7%；纳税人所在地在县城、建制镇的，税率为5%；纳税人所在地不在城市市区、县城、建制镇的，税率为1%。

     5．城镇土地使用税

    城镇土地使用税是对在我国境内使用国有土地的企业，就其使用土地的面积征收的一种税。它是以使用土地的面积为计税依据的。
城镇土地使用税以使用土地的企业为纳税人。对拥有土地使用权的纳税人不在土地所在地的，由代管人或实际使用人为纳税人；土地使用权未确定或权属纠纷未解决的，由实际使用人纳税；土地使用权共有的，由共有各方按其实际使用的土地面积的比例，分别计算纳税。

    6．房产税

    房产税是以房产为课税对象，按照房屋计税余值或租金收入为计征标准所征收的一种税。它是以房产的产权所有人为纳税人，产权属于全民所有的，由经营管理的单位缴纳，产权出典的，由承典人缴纳。房产税的征收范围为城市、县城、建制镇和工矿区，不包括农村。

    对于房产自用的，房产税以房产计税余值为计税依据。房产计税余值是指房产原值一次减去10？？30%损耗后的余值。在这种情况下，年税率为1.2%。

    房产出租的，以房产租金收入为计税依据。依租金收入计算房产税的，年税率为12%。

    7．车船使用税

    高新技术企业的车船使用税是对在我国境内拥有车船的高新技术企业，按其车船使用税以辆、净吨位和载重吨位为计税依据，按照差别税率计算其应纳税额。

    8．印花税

    印花税是对在我国境内的高新技术企业，书立、使用、领受印花税税法所列举的凭证所征收的一种税。

    印花税实行按照凭证所记载金额的比例税率和按件定额税率两种。

    依比例税率计算税额的公式为：

    应纳税额=凭证所载金额×税率

    依定额税率计算税额的公式化为：

    应纳税额=件数×5元。

    外商投资企业和外国企业

    对于外商投资企业和外国企业同样可以投资高新技术企业，但是所适用的税种有所区别，除不适用城建税，城镇土地使用税、房产税、车船使用税、农业税、牧业税、筵席税、耕地占用税外，适用城市房地产税、车船使用牌照税、外商投资企业和外国企业所得税。

    1．外商投企业和外国企业所得税

    外商投资企业和外国企业所得税是为了适用外资企业特点，专门对境内的外资企业的纯收益征收的一种税。其制定的原则是税负从轻、优惠从宽、手续从简。

    外商投资企业和外国企业所得税的征税对象是外商投资企业和外国企业从事生产、经营所得和其他所得。生产、经营所得包括纳税人从事制造业、采掘业、交通运输业、建筑安装业、农业、林业、畜牧业、渔业、水利业、商业、金融业、服务业、勘探开发作业，以及其他行业的生产、经营所得。其他所得包括纳税人取得的利润、利息、租金、转让财产收益，提供或者转让专利权、专有技术、商标权、著作权收益，以及营业外收益等所得。

    这里涉及的高新技术企业所涉及外商投资企业和外国企业所得税。

    正常情况下，外商投资企业和外国企业所得税采用了两种不同的比例税率。

   （1）在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所的所得应缴纳企业所得税，按应纳税所得额计算，税率为30%；地方所得税，按应纳税所得额计算，税率为3%，合计税率为33%。

   （2）对于在我国境内没有常设机构的外国企业，其取得的来源于我国境内的利润、利息、租金、特许权使用费和其他所得，或者虽有常设机构但与其常设机构没有实际联系的上述所得，按20%的税率征收预提所得税，不予扣除任何费用。自2000年1月1日起，上述所得减按10%的税率征收预提所得税。

    2．城市房地产税

    城市房地产税是以房产为征税对象，依据房产价格或房产租金收入向房产价值所有人或经营人征收的一种税。依据房产价格征税的，按照房产原值一次减除10？30%后的余额计算纳税，年税率为1.2%；依照房产租金收入计征的，年税率为12%。外商投资企业在上海浦东新区和经济技术开发区内自建或购置的新建房屋，从建成或购置的月份起，免征5年房产税。

     3．车船使用牌照税

    车船使用牌照税是对在我国境内拥有并且行驶于公共道路的车辆和航行于国内河流、湖泊或领海口岸的船舶，按其种类、大小、使用性质实行定额征收的一种税。外商投资企业拥有和使用的车辆，均应按照《车船使用牌照税暂行条例》的规定缴纳车船使用牌照税。